Die Gemeinde liegt im westlichen Oberpinzgau und grenzt an die Nachbargemeinden Wald im Pinzgau, Krimml und Bramberg. Nördlich der Gemeinde liegt bereits das Bundesland Tirol mit der Gemeinde Kirchberg in Tirol, südlich der Hohen Tauern Osttirol (Prägraten und Virgen). Neukirchen liegt außerdem am Oberlauf der Salzach und am Fuße des Großvenedigers, des höchsten Berges Salzburgs. Bekannt ist Neukirchen mit seinem über Jahrhunderte gewachsenen, idyllisch zwischen den Hohen Tauern im Süden und den Kitzbüheler Alpen im Norden eingebetteten Dorfbild als der nach Mittersill wichtigste Ort des Nationalparks Hohe Tauern und als (ebenfalls nach Mittersill) zweitgrößte Tourismusgemeinde des Oberpinzgaus.
